Bei der Benutzung der Biotonnen sollte unbedingt darauf geachtet werden, keine Plastiktüten in die Tonnen zu werfen. Das gilt auch für kompostierbare Plastiktüten. Die organischen Küchenabfälle dürfen nur in Papiertüten, alten Zeitungen oder in speziellen Kraftpapiertüten für Bioabfälle in der braunen Biotonne entsorgt werden.
Die Stadtverwaltung Erfurt gibt für jeden Erfurter Haushalt kostenlos 50 Bioabfalltüten aus. Diese können nach Bedarf im Umwelt- und Naturschutzamt in der Stauffenbergallee 18, auf den Wertstoffhöfen oder bei der Abfall- und Wertstoffberatung des SWE-Kundenservice abgeholt werden.