Ein Spezialwaschfahrzeug fährt dem Entsorgungsfahrzeug an dem regulären Leerungstag hinterher. Da dies zeitlich versetzt geschieht, informiert die Besatzung des Entsorgungsfahrzeugs mithilfe eines Handzettels am Deckel, die Biotonne stehen zu lassen und nichts einzuwerfen. Nur im leeren Zustand kann die Biotonnen-Dusche erfolgen. Allein der Informationszettel an der Biotonne weist auf den konkreten Termin der Reinigung hin.
Eine Biotonnen-Dusche im Spezialwaschfahrzeug dauert weniger als eine Minute. Mit einer Wassertemperatur von 70 Grad Celsius und mit spezieller Reinigungstechnik werden die rund 21.500 Abfallbehälter für Biomüll einmal pro Jahr gewaschen. Diesen Service bieten nicht alle Kommunen an. In Erfurt werden die Kosten für die Wäsche über die Abfallgebühren finanziert.
Aufgrund der Zusammensetzung des Bioabfalls, sind die Abfallbehälter meist stark verschmutzt und riechen unangenehmer als Hausmüllbehälter. Dem möchte die Stadt entgegenwirken. Mit der jährlichen Reinigung werden starke Verschmutzungen, mögliche Insekten sowie deren Brutstätten richtig entfernt und angetrocknete Bioabfälle beseitigt.
Der Waschzeitraum ist online im Abfallkalender oder der Abfall-App einsehbar. Mithilfe der Angabe von Straße und Hausnummer lässt sich der individuelle Abfallkalender ohne Registrierung anzeigen.
Die Reinigung der Biotonne ist nur für Erfurter Privathaushalte vorgesehen. Die Biotonnen, die für Gewerbetreibende bereitstehen, werden nicht gewaschen. Diese Wäsche muss separat bei der SWE Stadtwirtschaft GmbH beauftragt werden. Neben der jährlichen Biotonnen-Dusche durch die SWE Stadtwirtschaft GmbH sind die Abfallbehälter aller Arten generell sauber zu halten und auch selbst zu reinigen.